En el Cuaderno de Antigüedades del año 1600, que conservamos en nuestro archivo, se da noticia de la caída de la bóveda de San Gregorio en 1595, así como de la posterior obra de reedificación, que costeó todo el pueblo.
Así, literalmente, podemos leer: “… dar particular cuenta se cuando se cayó esta Santa Ermita, que había levantado y mandado hacer el rey católico don Fernando, como queda dicho, el año de 1495. Y estuvo en pie cien años, hasta el año de 1595, que se hundió toda la bóveda del cuerpo de la iglesia, y quedose la Capilla en pie como está hoy día, harto maltratada. Y se repasó tomando con yeso y cal las fedenduras, y se techó por encima la bóveda, pareciéndonos a los presentes ser así necesario, para su conservación. Estuvo caída casi tres años, hasta el año de 1598, que viendo los devotos vecinos que el Prior de las Ermitas, que es un canónigo y dignidad de la Iglesia Mayor de Sevilla, no daba orden de levantarla, cogiendo como coge las rentas y tributos que muchos devotos dejaron para reparos de la Ermita del Glorioso Santo. Así trigo, como cebada, aceite y dineros. Movidos del celo y devoción, hicieron muchas mandas, con que se juntó dineros para volver a levantar el edificio. Y así se levantó, haciendo el techo de madera de pino de Segura, y no de bóveda como estaba, como parece al presente. Comenzose la reedificación por 21 de mayo de 1598, y acabose por 16 días de febrero de 1599. Que se levantó y acabó en menos de 9 meses. Costaría reedificar esta vez poco más de 1000 ducados. Glorias sean dadas a Dios para siempre.”
Como se puede ver, en aquella ocasión, resultó destruida la bóveda del cuerpo de la Ermita, y se decide la reconstrucción culminando el trabajo con una nueva techumbre de madera, que es como ha perdurado hasta nuestros días.
